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计算机工程 ›› 2012, Vol. 38 ›› Issue (24): 258-261. doi: 10.3969/j.issn.1000-3428.2012.24.061

• 开发研究与设计技术 • 上一篇    下一篇

NRDPT: 下一代测序数据的处理方法

张 骏1,殷 陶1,陈玲慧2   

  1. (1. 上海交通大学计算机科学与工程系生物智能与信息实验室,上海 200240; 2. 台湾交通大学多媒体工程研究所,中国台湾 新竹 30050)
  • 收稿日期:2011-06-23 修回日期:2011-11-07 出版日期:2012-12-20 发布日期:2012-12-18
  • 作者简介:张 骏(1987-),男,硕士研究生,主研方向:图像处理,机器学习;殷 陶,硕士研究生;陈玲慧,教授

NRDPT: Processing Approach for Next Generation Sequencing Data

张 骏1,殷 陶1,陈玲慧2   

  1. (1. Biological Intelligence and Information Lab, Department of Computer Science and Engineering, Shanghai Jiaotong University, Shanghai 200240, China; 2. Institute of Multimedia Engineering, National Chiao Tung University, Hsinchu 30050, China)
  • Received:2011-06-23 Revised:2011-11-07 Online:2012-12-20 Published:2012-12-18

摘要: 随着下一代基因测序技术的发展,其数据处理面临着越来越高的要求和挑战,基因测序软件厂商的基本数据处理程序已经不能满足实验要求。为此,提出一种新的数据处理方法(NRDPT)。在第3代基因测序原理的基础上,根据边缘信息和霍夫变换重新设计图像的处理步骤,给出新的基因簇定位算法,并设计两步配准算法。实验结果表明,与传统的直接配准方法相比,该方法能使配准速度提升约9倍。

关键词: 下一代测序, 基因测序, 开源软件, 图像处理, 图像配准, 图像分析, 信号处理

Abstract: With the development of the Next Generation Sequencing(NGS) technology, the default raw data processing pipeline faces more and more challenge. This paper presents a new data processing pipeline——NRDPT. NRDPT designs a new raw data processing algorithm, based on edges and Hough transform. In addition, a high performance 2-step registration algorithm is proposed. The experimental results show that, based on the same precision, the 2-step speeds up the classical algorithm by 9 times.

Key words: Next Generation Sequencing(NGS), DNA sequencing, open source software, image processing, image alignment, image analysis, signal processing

中图分类号: