计算机工程

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Blogel-SPINAL:分布式PPI网络比对算法

周文剑 1,靳婷 2   

  1. (1.复旦大学计算机科学技术学院,上海 200433; 2.海南大学信息科学技术学院,海口 570228)
  • 收稿日期:2015-04-20 出版日期:2016-04-15 发布日期:2016-04-15
  • 作者简介:周文剑(1989-),男,硕士,主研方向为生物信息学;靳婷(通讯作者),讲师、博士。
  • 基金项目:
    国家“863”计划基金资助项目(2012AA020403)。

Blogel-SPINAL:Distributed PPI Network Alignment Algorithm

ZHOU Wenjian  1,JIN Ting  2   

  1. (1.School of Computer Science,Fudan University,Shanghai 200433,China; 2.College of Information Science and Technology,Hainan University,Haikou 570228,China)
  • Received:2015-04-20 Online:2016-04-15 Published:2016-04-15

摘要: 高通量技术的发展使蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的规模日益增大,需要高速算法对其进行全局比对。为此,分析集中式全局比对算法SPINAL,将该算法中耗时超过95%的计算估计值阶段移植到分布式平台Blogel下运算,求比对图阶段则仍保持集中式运算,以此得到Blogel-SPINAL算法。理论分析和实验结果表明,与SPINAL相比,Blogel-SPINAL能提升比对速度,具有较好的扩展性。

关键词: 分布式计算, 蛋白质-蛋白质相互作用网络, 全局网络比对, 积图, 顶点划分, 可扩展性

Abstract: With the development of high throughput technology,the size of Protein-protein Interaction(PPI) network grows larger and larger,thus high speed PPI network global alignment algorithm is needed.Aiming at this problem,this paper analyzes the SPINAL algorithm.It modifies the coarse-grained phase which occupies more than 95% time cost to adapt for distributed platform named Blogel,and keeps the fine-grained phase unchanged.Hence,the Blogel-SPINAL algorithm is gotten.Theoretical analysis and experimental results show that Blogel-SPINAL is much faster than SPINAL,and its scalability is better.

Key words: distributed computation, Protein-protein Interaction(PPI) network, global network alignment, product graph, vertex partition, scalability

中图分类号: