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›› 2005, Vol. 31 ›› Issue (22): 61-63.

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FM-index算法性能测试及并行化

张广治,张云泉,李伟华,李玉成   

  1. 中国科学院软件研究所并行计算实验室,中国科学院软件研究所并行计算实验室,沈阳工程学院计算中心,中国科学院软件研究所并行计算实验室 北京 100080,北京 100080,中国科学院计算机科学国家重点实验室,北京 100080,北京 100080,中国科学院计算机科学国家重点实验室,北京 100080
  • 发布日期:2005-11-25

Performance Testing of FM-index Algorithm and Parallelization

ZHANG Guangzhi1,ZHANG Yunquan1,2,LI Weihua3,LI Yucheng1,2   

  1. (1.Lab of Parallel Computing,Institute of Software,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100080;2.State Key Lab of Computer Science,Institute of Software,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100080;3.Computer Center,Shenyang Engineering Academy,Shenyang 110136)
  • Published:2005-11-25

摘要: 介绍了FM-index压缩查询技术,详细阐述了FM-index的工作流程,描述了实现计算字符串在压缩文本中出现次数的算法。对FM-index的源代码在Linux平台上进行了测试,从测试结果分析了使用FM-index进行压缩查询的优点和不足。最后给出了加快FM-index压缩速度的一个并行化算法的初步设计思路。

关键词: FM-index, 压缩查询, BW转换, 后缀数组

Abstract: FM-index is a new technology for searching compressed text.This paper introduceds the working procedure of FM-index and analyzes the algorithm of counting string occurrence in compressed text.The source code of FM-index is tested on two kinds of Linux platforms.Based on the experimental results,it summarizes the advantages of adopting FM-index to search compressed text.Finally,it puts forward one elementary parallel method to accelerate FM-index compress speed.

中图分类号: